يکى از آثار تاريخى ارزشمند و جالب توجه استان، ‌ کوه خواجه است که در سيستان واقع شده است. اين کوه به ارتفاع تقريبى ۹۰۰ متر مانند جزيره‌اى در وسط درياچه هامون قرار گرفته است. بالاى اين کوه آثار آتشکده و کاخ عظيمى نمايان است که عمارات مختلف آن مشرف بر حياط وسيعى است. در چهار طرف آن چهار رواق ستوندار قرار گرفته که قوس‌هاى آنها هلالى است. اين کاخ آثار زيادى از گچبرى‌هاى قديمى متقاطع، خطوط شکسته متوازى و نقاشى ديوار با نقش برش‌هاى اکانت و خداى يونانى اروس (خداى عشق) سوار بر اسب و نقاشى‌هاى متعدد ديگر را در بر دارد.

آتشگاه کوه خواجه مرکب از تالار چهارگوشى است که سردر بزرگى دارد و در اطراف تالار راهرويى است که پوشش آن به صورت گهواره‌هاى هلالى شکل است. تاريخ ساختمان اين آتشکده را حدود قرن اول ميلادى مى‌دانند و ويرانه‌هاى اطراف آن را هم به دوران اشکانى و ساسانى نسبت مى‌دهند. در قسمت جنوب کوه خواجه پرستشگاهى وجود دارد که به کرچک چل گنجه معروف است و از گل بنا شده است. اين بنا جايگاه پرستش ناهيد (آناهيتا) و از نوع قلعه‌هاى دختر است که پرستشگاه ناهيد محسوب مى‌شدند.

از آثار بعد از اسلام اين مجموعه آرامگاه خواجه مهدى ابن محمد خليفه است که به صورت اتاق خشتى به ابعاد ۶×۹ متر مى‌باشد و در بالاى کوه قرار گرفته است.

بناى بعدى کوه خواجه، زيارتگاه «خواجه غلطان» است که هنوز مورد تقديس مردم است و هر سال در آنجا قربانى‌ها مى‌کنند. زيارتگاه «پيرگندم بريان» در همين تپه است و قبرستانى نيز در آن جاست.

مردم سيستان در هفته اول فروردين به زيارت اين محل مى‌روند و گندم بريان نذر مى‌کنند. احتمال دارد که نام «اوشيدا» که در اوستا نام کوهى است همين کوه باشد. سنگ آتشگاهى که از آتشکده اين کوه بدست آمده کاملاً مشابه آتشگاه آپاداناى شوش است که به زمان هخامنشيان مربوط است.

ساير آثارى که در اين کوه بدست آمده بيشتر مربوط به قوم «سکا» است که در حدود قرن دوم ميلادى به اين سرزمين مهاجرت کرده‌اند.

در هر حال، کوه خواجو و مجموعه آثار باستانى دوره‌هاى مختلفى که در دامنهٔ آن وجود دارند، همراه با چشم‌انداز زيباى هامون و ويژگى‌هاى مردم‌شناسى ساکنان پيرامون آن، يکى از جاذبه‌هاى ممتاز جهانگردى استان سيستان و بلوچستان به شمار مى‌آيد.